Keberadaan Koperasi yang pada akhirnya diberi nama “Warung Mitra” sesungguhnya untuk membantu karyawan Rumah Sakit Budi Rahayu Pekalongan. Sebuah koperasi simpan pinjam berawal sejak tahun 2007. Provinsi membantu memberikan modal awal untuk koperasi ini. Hal ini untuk membantu karyawan dalam memenuhi kebutuhan sehari-hari dan pendidikan anak-anak mereka. Dengan adanya koperasi Warung Mitra Karyawan tidak perlu meminjam di Bank dengan bunga yang sangat tinggi.
Pada tanggal 15 September 2018 Yayasan Rumah Sakit meminjamkan satu ruangan kecil di rumah sakit dan diberi nama: WARUNG MITRA. Awalnya hanya memberi pinjaman berupa uang,usaha mereka selangkah lebih jauh. tetapi sekarang Warung Mitra menyediakan barang-barang kebutuhan pokok seperti beras, gula, minyak, mie, telur, tepung terigu, beberapa jenis susu, dan minuman. Pelanggan Warung Mitra, tidak hanya karyawan Rumah Sakit Budi Rahayu, tetapi para guru, karyawan dari komunitas susteran, para-Suster dan mereka yang menemani keluarga yang sakit. Mereka sangat puas dengan pelayanan dan merasa terbantu.
Untuk mengembangkan warung mitra dalam melayani pelanggan dari semua kalangan, komunitas St. Yoseph memberikan sebuah tempat yang dahulu garasi milik biara untuk direnovasi dan dijadikan tempat usaha Warung Mitra. Tempat yang diberikan itu sangat strategis karena dekat dengan jalan raya dan dekat dengan parkiran Rumah Sakit Budi Rahayu. Setelah selesai renovasi, tanggal 15 November 2021 ruangan baru itu diberkati oleh RD. Fransiskus Asisi Teguh Santosa. Pengurus Warung Mitra ada tiga orang mereka adalah Sr. Maria Franselin, Dr. Jefli Mandala Putra dari manajemen pengembangan Rumah Sakit, dan Ibu Lilywaty bendahara Yayasan Santa Maria Pekalongan. Dua karyawan membantu mereka dalam melayani pelanggan dan menyediakan barang-barang.
Selama situasi Covid, para karyawan dan para suster merasa terbantu karena tidak perlu belanja di luar. Mereka tinggal menghubungi petugas dengan mengirimkan daftar nama barang yang dibutuhkan dan mereka dapat mengambil barang pesanan mereka kapanpun sebelum Warung Mitra ditutup pada sore hari. Transaksi pembayaran bagi para karyawan Rumah Sakit, Komunitas Susteran atau staf sekolah dilakukan pada akhir bulan setelah mereka menerima gaji. Kesulitan yang dirasakan adalah mencari barang dengan harga murah, tetapi kualitas tetap diprioritaskan.
Kami berharap bahwa Warung Mitra akan terus berkembang dan dapat memenuhi kebutuhan para pelanggan dan siap menjangkau lebih jauh lagi. Soli Deo